در سال ۲۰۱۸ دانشگاههای تهران، امیرکبیر، پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، صنعتی اصفهان، علم و صنعت ایران، فردوسی مشهد، شیراز، تبریز، پزشکی شهید بهشتی، علوم تحقیقات تهران، شهید بهشتی، صنعتی خواجه نصیر، اصفهان، گیلان، کاشان، پزشکی اصفهان، پزشکی شیراز، پرشکی تبریز، پزشکی مشهد، بوعلی سینا و شهید باهنر کرمان حضور یافتند.
در سال۲۰۱۷ میلادی، دانشگاههای تهران، صنعتی امیرکبیر، علوم پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، صنعتی اصفهان، علم و صنعت ایران، دانشگاه شیراز، فردوسی مشهد، تبریز، علوم پزشکی شهید بهشتی، علوم و تحقیقات تهران، شهید بهشتی، خواجه نصیرالدین طوسی، اصفهان، علوم پزشکی اصفهان ، گیلان و علوم پزشکی شیراز قرار گرفته بودند.
همچنین در رتبهبندی لایدن در سال ۲۰۱۶، تعداد ۱۴ دانشگاه تهران، صنعتی امیرکبیر، علوم پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، علم و صنعت ایران، صنعتی اصفهان، دانشگاه شیراز، فردوسی مشهد، تبریز، شهید بهشتی، علوم پزشکی شهید بهشتی، خواجه نصیرالدین طوسی و اصفهان در این رتبهبندی بودند.
در سال ۲۰۱۵ میلادی نیز تعداد دانشگاههای کشور در این رتبهبندی به ۱۳ دانشگاه رسید. دانشگاه صنعتی اصفهان، امیرکبیر، شریف، تبریز، علم و صنعت ایران، تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، شیراز، فردوسی مشهد، علوم پزشکی تهران، علوم پزشکی شهید بهشتی و دانشگاه آزاد اسلامی در سال ۲۰۱۵ میلادی در این رتبهبندی حاضر شدند.
در سال ۲۰۱۴ تعداد دانشگاههای ایرانی حاضر در این رتبهبندی به ۱۲ دانشگاه رسید که شامل دانشگاههای امیرکبیر، تبریز، شریف، علم و صنعت ایران، صنعتی اصفهان، تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، فردوسی مشهد، شیراز، علوم پزشکی تهران و دانشگاه آزاد اسلامی میشود.
در سال ۲۰۱۲ نیز هیچ دانشگاهی از کشور در بین دانشگاههای برتر دنیا حضور نداشت و در سال ۲۰۱۳ پنج دانشگاه صنعتی امیرکبیر، شریف، تربیت مدرس، تهران و علوم پزشکی تهران در این نظام برای اولین بار جای گرفته بودند.
عملکرد جهانی دانشگاههای کشور در شاخص تولیدات علمی در رتبهبندی لایدن در جدول زیر نمایش داده شده است.
